SAROUI Taous - 2016 -

SARAOUI Taous Laboratoire Écosystèmes microbiens et molécules marines pour les biotechnologies (EM3B) Ifremer (Nantes) École doctorale: Ecole doctorale N°495 Végétal, environnement, nutrition, agroalimentaire, mer (VENAM)
	Spécialité : Biologie des Organismes. Microbiologie et Biologie Moléculaire

Directeur de thèse:  PILET Marie France
Co-encadrant :  LEROI Françoise

Sujet

Mécanismes d’interactions entre une bactérie bioprotectrice d’intérêt pour la biopréservation des produits de la mer Lactococcus piscium CNCM I-4031et la bactérie pathogène Listeria monocytogenes

Mots clés

Bactéries lactiques, biopréservation, qualité et sécurité des aliments, mécanisme dépendant du contact cellulaire, communication cellulaire, quorum sensing, génome de Lactococcus piscium, RNA-seq.

 

En quelques mots

Lactococcus piscium CNCM I-4031, une bactérie lactique psychrotrophe isolée de saumon, est capable d'inhiber de 3 à 4 log UFC g-1 la croissance de Listeria monocytogenes dans les crevettes cuites décortiquées. Pour caractériser cette inhibition, un milieu chimiquement défini a été développé et l'inhibition reproduite. L. piscium est aussi capable de réduire la virulence de Listeria. La microscopie électronique à balayage a montré que les cellules de Listeria, en présence de L. piscium, sont plus allongées et que leur surface est endommagée. Le mécanisme d’inhibition n’implique ni l’excrétion de molécules antimicrobiennes, ni la compétition nutritionnelle. Par ailleurs, ce mécanisme nécessite un contact entre les cellules et serait peut-être contrôlé par quorum sensing. Le génome de L. piscium CNCM I-4031 a été séquencé et une annotation experte effectuée. Les gènes différentiellement exprimés par L. piscium en absence et en présence de Listeria ont été étudiés par RNA-seq. En compilant les résultats obtenus, treize clusters de gènes cibles potentiels ont été mis en évidence. Ils sont impliqués dans la biosynthèse et le transport de bactériocines, les mécanismes de quorum sensing, la formation de pili, la compétence bactérienne et la biosynthèse de CAZymes. Des approches de génomique fonctionnelle comme la construction de mutants de L. piscium sur ces gènes sont nécessaires pour élucider ces mécanismes. Enfin, des essais appliqués de L. piscium en association avec Carnobacterium divergens V41, une souche bioprotectrice productrice d’une bactériocine, ont montré l’intérêt de ce cocktail pour améliorer la qualité et la sécurité des crevettes cuites décortiquées.

Soutenue le 22 avril 2016, devant le jury composé de::

Rapporteur:  M. Christophe LACROIX, Professeur, Ecole Polytechnique Fédérale de Zürich, Suisse

Rapporteur:  M. Yves LE LOIR, Directeur de recherche, INRA/Agrocampus Ouest, Rennes.

Président: M.Thierry LEBEAU, Professeur, Université de Nantes

Examinateur:  Mme Céline DELBES, Chargée de Recherches, INRA, Aurillac

Invité :M. Hervé PREVOST, Professeur, ONIRIS, Nantes.

Directeur.de thèse: Marie-France PILET, Maitre de conférence (HDR), ONIRIS, Nantes

Co-directeur.de thèse: Françoise LEROI,Cadre de Recherche, IFREMER, Nantes, France