Molécules anti-microbiennes

        Les produits de la mer sont des matrices alimentaires propices au développement bactérien. Les souches isolées à EM3B depuis 30 ans sur différents produits (saumon, crevette,thon…) et les études plus récentes de metabarcoding ont montré que ce microbiome bactérien présente une grande diversité de genre et d’espèces bactériennes. L’étude des interactions bactériennes au sein de ce microbiome est une des thématiques de recherche du laboratoire EM3B. Les bactéries sont isolées, identifiées et les espèces sont caractérisées. L’étude de leur capacité à se défendre par la production de molécules antimicrobiennes permet aujourd’hui de mieux comprendre l’évolution du microbiome et d’envisager une stratégie de biopréservation moins empirique. Grâce à une meilleure connaissance des organismes, au développement d’outils de criblages d’activité antimicrobiennes, à l’apport de la génomique qui permet de prédire le potentiel de chaque espèce, des souches bioprotectrices efficaces peuvent être sélectionnées pour lutter contre différents agents pathogènes responsables d’intoxication alimentaire ou de l’altération de l’aliment. Les mécanismes moléculaires sous-jacents sont aussi étudiés afin de décrire les voies de biosynthèse de molécules antimicrobiennes mises en jeu (projet ANR JCJC Seabiomic 2021-2023). Une étude récente a permis de comparer les activités antibactériennes de 300 souches de Carnobacterium isolés de produits de la mer et de montrer la diversité des composés antimicrobiens (ex : bactériocines, thiopeptides, NRPS …) pouvant être produits (Begrem et al, 2020).

Inhibition de Brochothrix thermosphacta par des bactéries marines  

Aujourd’hui, le laboratoire met à profit sa souchothèque de bactéries marines et ses connaissances pour développer des solutions probiotiques pour lutter contre d’autres bactéries pathogènes de coquillages (thèse de Marion Sorée, en cours) ou de poissons d’élevage (projet européen MASTER 2019-2022). Les travaux en cours permettent aussi de prospecter de nouveaux composés antibactériens qui pourraient permettre de lutter contre l’antibiorésistance, un des enjeux mondial en santé publique.