SEABIOMIC

2021-2023: ANR JCJC SEABIOMIC  financé par l'Agence Nationale de la Recherche, labellisé par le Pôle Mer Bretagne.

 

Objectifs

La biopréservation est une méthode de conservation des aliments qui s’appuie sur les compétitions bactériennes. En pratique, elle consiste à inoculer des bactéries protectrices dans la matrice alimentaire afin d’empêcher le développement de microorganismes indésirables (bactéries altérantes ou pathogènes). Utilisée depuis plusieurs années de manière empirique, la description du microbiome de produits de la mer, notamment par les nouvelles techniques de séquençage, permet aujourd’hui d’aller plus loin dans la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents à la biopréservation.

Le projet SEABIOMIC a pour objectif de décrire pour la première fois les réseaux d’interactions bactériennes du microbiome de produits de la mer dans sa globalité, impliquant à la fois des bactéries positives, pathogènes, altérantes ou neutres. Le séquençage de 100 génomes de souches isolées de produits de la mer, appartenant à de multiples espèces seront analysés afin de prédire la diversité de molécules antimicrobiennes pouvant être présente dans la matrice « saumon ». Les mécanismes de compétition seront étudiés in vitro grâce au couplage de méthodes -omiques : génomique, phénotypage haut-débit (système BIOLOG-Omnilog), culturomique, cytométrie en flux, transcriptomique haut-débit.

Mieux comprendre les facteurs déclenchant les compétitions bactériennes au cours de la conservation du produit permettra de mieux prédire l’évolution du microbiome lors de procédé de biopréservation et de développer une biopréservation plus ciblée et plus efficace.

Partenaires

Porteur de projet:  Delphine Passerini (Ifremer)

Partenaires académiques: